1ミリでいいからコロナに反撃したいエンジニアのための“仮想特効薬”の作り方：世界を「数字」で回してみよう（63） 番外編（4/7 ページ）

[江端智一，EE Times Japan]

コピペするだけで、設計できてしまった……

　それでは、早速江端さんにコロナウイルスを分解するsiRNAを設計していただきます。

　まず、コロナウイルス（SARS-CoV-2）のゲノム情報を得ます。

　こちらのサイトに、SARS-CoV-2のゲノム情報が公開されています。これは、武漢のオリジナルのウイルスのゲノム情報だったと思います。他にも変異株が続々に登録されていますが、まずは武漢のオリジナルで設計してみましょう。

　ページの下の方、というか、一番下、にATGCの4文字が3万文字ほど並んだ配列があります。

　これが憎っくきコロナウイルスのゲノムの全てです。

　この1本鎖RNAをタンパク質と脂質の膜でくるんだらウイルスそのものになる、というわけです。

　数字込みでいいので、originの表記の後、「1 attaa・・・・・」から、最後の「・・・・aaaaaa」の配列情報をコピーします。

SARS-CoV-2のゲノム配列。Wordに、そのまんまコピーしたら14ページになりました。

（江端の脳内）

　でも、3万塩基対から、クスリとして有用な塩基配列の候補を抽出って……どんなものすごい計算量になるんだろう。

　私の作った交通シミュレーションでは、ゲーミングPC（高速処理に特化したPC）でも、合計1万人の人間を1日分移動させるだけで、3時間はかかったくらいだから ――

　SARS-CoV-2を攻撃しつつ、他のRNAは攻撃しない ―― そんな都合の良い塩基対列を抽出するなら、最初の1つ目の塩基列発見に2〜3日くらいは必要だろうなぁ……。

　次に、こちらのサイトを開きます。無料でsiRNAを設計してくれるたくさんあるホームページのうちの１つです。

　え？　『無料』？　『たくさんあるホームページの1つ』？　dry laboratoryの世界って、そんなに気前いいの？

　枠内に、サンプル配列が記載されていますが、これを削除して、先ほどコピーした配列をペーストして、実行（クリック）してください。

　はい。

　すると、大量のsiRNA配列候補が出力されてきます。

　待つこと10秒 ―― すごいものが出てきました。

　候補となるクスリ（の塩基配列） ―― 実に1809種類

＊）ちなみに、今回使用したPCは、現在、秋葉原の中古PC店で19800円くらいで販売されている程度のPC（Intel Core i7-4770S CPU 3.10G、メモリ16GB）です。

　おめでとうございます。抗SARS-CoV-2薬候補がたくさんデザインできました。

　ありがとうございます……って、先生、そうじゃなくて（思わず、ノリツッコミをする江端）。

　その瞬間、私の頭に浮んだことは、『医薬の設計製造は、高度な医療知識がある一部のエリートと、スパコンの仕事』という言い逃れが、もう使えなくなっているんだなぁ』という、隔世の感でした。

　しかし、次の瞬間には、Webページに記載されている、江端が見たこともない用語（英語）を、Google翻訳に放り込み、自分なりに推測を始めていました。「まずは内容を理解せねば」と思ったからです。

（*）：シバタ先生による詳細解説はこちら

　さらに、画面を下の方にスクロールしてみたら、候補となるクスリ（の塩基配列）が、図示されていました。

　「いつの間にか、自宅のPCで、GUIを使って医薬を設計できる時代になっていたんだ」と、今さらながら、自分の”医薬リテラシー”の、あまりの低さに絶望してしまいました。